La presencia del Instituto Juan Pablo II en Madrid no es una novedad absoluta, en cuanto que anteriormente existía una oferta formativa sobre Matrimonio y Familia en la ciudad. El ordenamiento jurídico del anterior Instituto no contemplaba la posibilidad de que existiera más de una sede en cada país, y en España esta se encontraba en Valencia, que ofrecía grados académicos canónicos; las demás ubicaciones se constituyeron como centros docentes de apoyo a la sede oficial para facilitar el acceso de los estudiantes.

El estatuto del nuevo Instituto permite crear en un mismo país más de una sección, lo que ha permitido que el centro de Madrid se haya convertido en una sede autónoma mediante decreto de la Congregación para la Educación Católica de 10 de octubre de 2019, con plena capacidad para impartir tanto formación en general, como hasta ahora había hecho, como grados académicos eclesiásticos plenamente reconocidos.

En la capital española se concentra la población universitaria más numerosa, así como el mayor número de instituciones académicas de nivel superior, muchas de ellas ligadas de diversos modos a la Iglesia. Las autoridades de la Sede Central del Instituto creyeron necesario que su oferta formativa, presente en la ciudad, estuviera al mismo nivel, en su perfil académico y científico, así como en la consecución de títulos eclesiásticos superiores. Para lograr este ambicioso y necesario proyecto, además de solicitar su acogida al Cardenal Arzobispo de Madrid, se ha confiado su sostenimiento y organización a una institución universitaria solvente y con acreditada experiencia: la Universidad Católica de Murcia (UCAM).

Se apuesta así por la participación plural en la vida de la nueva sección, valorando las potencialidades de las realidades académicas existentes en la ciudad e implicándolas, desde la variedad de carismas y disciplinas, en el cumplimiento del mandato del motu proprio fundacional: que el nuevo Instituto sea un centro académico de referencia en el campo de las ciencias relacionadas con el matrimonio y la familia, contribuyendo así a responder a las exigencias actuales de la misión pastoral de la Iglesia.

El Instituto se sitúa en la sede de la Fundación Casa de la Familia. Esta entidad, desde su creación, ha perseguido el apoyo y la promoción del matrimonio y de la familia en colaboración con la Iglesia en general, y en especial con la Archidiócesis de Madrid.